Segundo o Estatuto da Universidade de São Paulo, são órgãos de administração do IRI/USP:
- Congregação
- Diretoria
- Conselho Técnico-Administrativo - CTA
- Comissão de Graduação - CG
- Comissão de Pós-Graduação - CPG
- Comissão de Pesquisa - CPq
- Comissão de Cultura e Extensão Universitária - CCEx
Com a finalidade de auxiliar os órgãos da administração do IRI/USP, foram criadas Comissões Assessoras Permanentes, subordinadas ao Diretor. São elas:
- Comissão de Cooperação Nacional e Internacional – CCNInt
- Comissão de Biblioteca – CB