Segundo o Estatuto da Universidade de São Paulo, são órgãos de administração do IRI/USP:
Com a finalidade de auxiliar os órgãos da administração do IRI/USP, foram criadas Comissões Assessoras Permanentes, subordinadas ao Diretor. São elas:
- Comissão de Cooperação Nacional e Internacional – CCNInt
- Comissão de Biblioteca – CB